L'intérieur de l'église Notre-Dame-de-l'Assomption de Rouffach comprend une nef à trois travées voûtées sur croisées d'ogives, elle est séparée des bas-côtés à six travées par des piliers à chapiteaux sculptés de feuilles acanthes soutenant des arcades en arc brisé. La nef comprend notamment une belle chaire en grès, bois sculpté et fer forgé qui fait face à une statue de la Vierge à l'Enfant en bois polychrome du XVe siècle. La tribune Ouest est munie d'un orgue Callinet de 1855, il est surmonté d'une magnifique rosace à vingt lancettes avec le Christ en Gloire au centre. Le choeur polygonal voûté sur croisées d'ogives de l'église Notre-Dame-de-l'Assomption date du XIIIe siècle; de style gothique, il comprend un tabernacle du XVe siècle sur lequel repose le maître-autel néogothique qui raconte la vie de Saint Arbogast guérisseur du fils de Dagobert II, il est surmonté de belles clefs de voûtes sculptées. Deux tourelles d'escaliers gothiques ont été maintenues à l'entrée du choeur, elles sont les vestiges de l'ancien jubé. De part et d'autre, les stalles Renaissance sont éclairées par de superbes verrières du XIXe siècle qui illustrent la vie de la Vierge Marie. Autres trésors situés dans l'édifice, les autels situés dans les croisillons Nord et Sud, les fonts baptismaux du XVe siècle, le buste reliquaire de Saint Valentin du XVIIe siècle et de nombreuses statues en bois polychromes. L'église Notre-Dame-de-l'Assomption de Rouffach est classée aux Monuments Historiques depuis 1841.